分析病毒

艾默里大學(xué)生物學(xué)副教授Katia Koelle說(shuō)，SARS-CoV-2病毒變種的出現(xiàn)在對(duì)抗CO-VID-19的斗爭(zhēng)中增加了曲折，表明需要對(duì)該病毒進(jìn)行更好的基因組監(jiān)測(cè)。

Koelle說(shuō)：“改進(jìn)的跨州SARS-CoV-2基因組監(jiān)測(cè)確實(shí)將幫助我們更好地了解引起大流行的病毒在美國(guó)的發(fā)展和傳播。”“需要更多的聯(lián)邦資金，以及用于樣本收集和基因測(cè)序的集中標(biāo)準(zhǔn)。研究人員需要訪問(wèn)此類元數(shù)據(jù)，以便更好地跟蹤病毒在地理上的傳播方式，并確定可能難以控制的任何新變種，以便衛(wèi)生官員可以更快，更有效地做出反應(yīng)。”

Koelle研究了病毒進(jìn)化與病毒傳染病流行病學(xué)傳播之間的相互作用。她是《觀點(diǎn)》文章的高級(jí)作者，該文章剛剛發(fā)表在《科學(xué)》雜志上，有關(guān)SARS-CoV-2測(cè)序?qū)刂艭O-VID-19大流行的重要性。

邁克爾·馬丁(Michael Martin)是埃默里(Emory)的人口，生物學(xué)和生態(tài)計(jì)劃的博士研究生，也是科勒(Koelle)實(shí)驗(yàn)室的成員，是《科學(xué)》雜志的第-一作者。大衛(wèi)·范因斯伯格(David VanInsberghe)是科勒實(shí)驗(yàn)室的博士后研究員，是該書的合著者。

馬丁說(shuō)：“對(duì)SARS-CoV-2的研究一直以迅雷不及掩耳的速度進(jìn)行。”“這種加速為我們提供了迄今為止-快的針對(duì)疾病的大數(shù)據(jù)集之一。到目前為止，我們已經(jīng)學(xué)到了很多關(guān)于這種病毒如何傳播和適應(yīng)的知識(shí)，但是我們?nèi)匀挥泻芏嗝c(diǎn)需要解決。”

基因組是生物體的遺傳物質(zhì)。人類基因組由雙鏈DNA組成，以四個(gè)不同的核苷酸堿基字母編碼。一個(gè)人類基因組由超過(guò)30億個(gè)堿基對(duì)組成。相反，包括SARS-CoV-2在內(nèi)的冠狀病毒的基因組是由RNA組成的，RNA的結(jié)構(gòu)比DNA更簡(jiǎn)單。例如，SARS-CoV-2基因組由一條只有30,000個(gè)字母長(zhǎng)的RNA鏈組成。排序是一種可以讀取這些字母的技術(shù)。

本文總結(jié)了有關(guān)SARS-CoV-2的關(guān)鍵見解，這些見解已通過(guò)從各個(gè)患者樣品中對(duì)其基因組進(jìn)行測(cè)序而獲得。它還列舉了仍然存在的挑戰(zhàn)，包括將元數(shù)據(jù)收集和整合到遺傳分析中，以及需要開發(fā)更有效和可擴(kuò)展的計(jì)算方法以應(yīng)用于成千上萬(wàn)的基因組的需求。